GAP Bölge Kalkınma İdaresi Teşkilatı, 27 Ekim 1989 tarihli Bakanlar Kurulu Kararı ve 6 Kasım 1989 tarih ve 20334 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan GAP Bölge Kalkınma İdaresi Teşkilatı’nın Kuruluş ve Görevleri Hakkındaki 388 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname (KHK) ile kurulmuştur.
Güneydoğu Anadolu Projesi kapsamına giren yörelerin süratle kalkındırılması, yatırımların gerçekleştirilmesi için plan, altyapı, ruhsat, konut, sanayi, maden, tarım, enerji, ulaştırma ve diğer hizmetleri yapmak veya yaptırmak, yöre halkının eğitim düzeyini yükseltmek için gerekli tedbirleri almak veya aldırmak, kurum ve kuruluşlar arasındaki koordinasyonu sağlamak üzere, Başbakanlığa bağlı hükmi şahsiyeti haiz ve onbeş yıl süreli olarak kurulan Güneydoğu Anadolu Projesi Bölge Kalkınma İdaresi Teşkilatı; Güneydoğu Anadolu Projesi Yüksek Kurulu ile Güneydoğu Anadolu Projesi Bölge Kalkınma İdaresi Başkanlığı'ndan (GAP İdaresi Başkanlığı) oluşmuştur.
GAP İdaresi Başkanlığı, GAP Yüksek Kurulu’nun sekreterya hizmetlerini yürütmekle de görevlendirilmiştir. Teşkilatın en yüksek karar organı olan ve GAP İdaresi tarafından hazırlanan her türlü plan, proje ve programları inceleyerek karara bağlayan GAP Yüksek Kurulu, Başbakan başkanlığında GAP'tan sorumlu Devlet Bakanı, Devlet Planlama Teşkilatı (DPT) Müsteşarlığı'nın bağlı olduğu Devlet Bakanı ile Bayındırlık ve İskan Bakanı'ndan oluşmuştur. 2002/56 sayılı Başbakanlık Genelgesi ile Tarım ve Köy işleri Bakanı da 2 Aralık 2002 tarihinden itibaren GAP Yüksek Kurulu'nun üyesi olmuştur. Gerektiğinde GAP Yüksek Kurulu'na, konuları ile ilgili olarak diğer Bakanlar da davet edilmiştir.
GAP İdaresi Başkanlığı Merkez ve Bölge olmak üzere teşkilatlanmıştır. Kuruluş Kararnamesi olan 388 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ve eki kadro cetvellerinde öngörüldüğü gibi; GAP İdaresi Başkanlığı bir Başkan ve iki Başkan Yardımcısı kadrosuyla yönetilmektedir. Bölge Müdürlüğü Teşkilatı ise Şanlıurfa ilinde konuşlandırılmıştır.